分析:根據分子和原子的有關知識解答.分子是保持物質化學性質的最小微粒,原子是化學變化中的最小微粒;
解答:解:A、原子是由原子核和核外電子構成,原子核是由質子和中子構成的.故A錯誤;
B、水是由水分子構成的,由分子構成的物質,其化學性質是由分子來保持的.故B錯誤;
C、分子的質量比構成它的原子的質量大,而不同種分子和原子無法比較大小,故C錯誤;
D、構成物質的微粒有分子、原子和離子,故D說法正確.
故選D.
點評:注意分子和原子都是構成物質的微粒,其基本性質是相同的,不同種分子和原子不能比較大。