解:(1)∵點P為BC的三等分點,
∴BP=

BC=4,PC=

BC=2,
∵PE⊥AB,
∴在直角△BPE中,∠B=60°,
∴∠BPE=30°,
∴BE=

BP=2,
∴BE=CP,
又∵∠MPN=60°,
∴△EPF是等邊三角形;
(2)△ABC的面積是:

×6×6×

=9

;
BP=x,則BE=

BP=

x.EP=

BE=

x,PC=6-x,PF=

PC=

(6-x).
則△BPE的面積是:

BE•EP=

×

•

x=

x
2,
△PCF的面積是:

PC•PF=

(6-x)•

(6-x)=

(6-x)
2.
∴四邊形AEPF面積的y=9

-

x
2-

(6-x)
2;
即y=-

x
2+6

x-9

(3<x<6);
(3)∵在△BPE中,∠B=60°,
∴∠BEP+∠BPE=120°,
∵∠MPN=60°,
∴∠BPE+∠FPC=120°,
∴∠BEP=∠FPC,
又∵∠B=∠C,
∴△BPE∽△CFP,
∴

=

,
設BP=x,則CP=6-x.
∴

=

,
解得:x=2或4.
當x=2時,在三角形△BEP中,∠B=60°,BE=4,BP=2,
則PE=2

;
當x=4時,在三角形△BEP中,∠B=60°,BE=4,BP=4,
則△BEP是等邊三角形,∴PE=4.
故PE=2

或4.
分析:(1)根據三等分點的定義,求得BP與PC的長,進而根據直角三角形中30度的銳角所對的直角邊等于斜邊的一半,即可求得BE的長,即可作出判斷;
(2)分別表示出△ABC、△BPE、△PCF的面積,根據四邊形AEPF的面積=△ABC的面積-△BPE的面積-△PCF的面積,即可求解;
(3)首先證明△BPE∽△CFP,根據相似三角形的對應邊的比相等即可求得BP的長,進而即可求得PE的長.
點評:本題主要考查了相似三角形的判定與性質,正確根據相似三角形對應邊的比相等求得BP的長是解題的關鍵.