解:(1)若運往A廠x噸,則運往B廠為(1000﹣x)噸.
依題意得:y=200×0.45x+150×a×(1000﹣x)
=90x﹣150ax+150000a,
=(90﹣150a)x+150000a.
依題意得:

解得:200≤x≤600.
∴函數關系式為y=(90﹣150a)x+150000a,(200≤x≤600).
(2)當0<a<0.6時,90﹣150a>0,
∴當x=200時,y
最小=(90﹣150a)×200+150000a=120000a+18000.
此時,1000﹣x=1000﹣200=800.
當a>0.6時,90﹣150a<0,又因為運往A廠總噸數不超過600噸,
∴當x=600時,y
最小=(90﹣150a)×600+150000a=60000a+54000.
此時,1000﹣x=1000﹣600=400.
答:當0<a<0.6時,運往A廠200噸,B廠800噸時,總運費最低,最低運費120000a+18000元.
當a>0.6時,運往A廠600噸,B廠400噸時,總運費最低,最低運費60000a+54000.