解:(1)根據題意,得AP=2tcm,BQ=tcm,
∵AB=6cm,
∴BP=(6-2t) cm,
若△PBQ是直角三角形,則∠BQP=90°或∠BPQ=90°,
①當∠BQP=90°時,∵∠B=60°,
∴∠BPQ=90°-60°=30°,
∴BQ=

BP,
即t=

(6-2t),
解得t=

(秒).
②當∠BPQ=90°時,∵∠B=60°,
∴∠BQP=90°-60°=30°,
∴BP=

BQ,
即6-2t=

t,
解得t=

(秒),
答:當t=

秒或t=

秒時,△PBQ是直角三角形;
(2)過P作PM⊥BC于M,
則Rt△PBM中,sinB=

,

∴PM=PB•sin60°=

(6-2t)=

(3-t),
S
△PBQ=

BQ•PM=

t•

(3-t),
過A作AN⊥BC于N,
則Rt△ABN中,sinB=

,
∴AN=AB•sin60°=6×

=3

,
∴S
△ABC=

BC•AN=

×4×3

=6

,
∴y=S
△ABC-S
△PBQ=6

-

t•

(3-t)=

t
2-

t+6

,
∴y與x之間的函數關系式為y=

t
2-

t+6

,
又∵y=

t
2-

t+6

=

(t-

)
2+

,
∴當t=

時,即AP=2t=3(cm),點P運動到邊AB的中點時,四邊形APQC的面積最小,其最小面積為

.
分析:(1)用t表示出AP、BQ、BP,然后分①∠BQP=90°,②∠BPQ=90°兩種情況,根據直角三角形30°角所對的直角邊等于斜邊的一半列式計算即可得解;
(2)過P作PM⊥BC于M,求出PM的長度,然后表示出△PBQ的面積,在過點A作AN⊥BC于N,然后求出AN的長度,再求出△ABC的面積,然后根據S
四邊形APQC=S
△ABC-S
△PBQ整理即可得到y與t的函數關系式,再根據二次函數的最值問題求出t的值,即可得到點P得到位置.
點評:本題考查了二次函數綜合題型,主要利用了直角三角形斜邊上的中線等于斜邊的一半的性質,二次函數的最值問題,解直角三角形,(1)要注意分情況討論,(2)根據四邊形APQC的面積等于兩個三角形的面積的差列式是解題的關鍵,也是常用的方法之一.