分析：A、根據分子和原子都可以再分考慮；B、根據原子的構成考慮；C、根據分子的特點考慮；D、根據構成物質的基本微粒考慮．
解答：解：A、分子可以分為原子，原子可以分為原子核和 核外電子，故A錯；
B、有的物質是由分子構成，有的物質是由原子構成，分子和原子不能比較大小，故B錯；
C、原子是化學變化中的最小粒子，分子是保持物質化學性質的最小粒子，故C錯；
D、有的物質是由分子構成，有的物質是由原子構成，有的物質是由離子構成，故D正確．
故選D．
點評：解答本題關鍵是要知道分子和原子不能比較大小，構成物質的基本微粒有分子、原子、離子；知道原子是化學變化中的最小粒子，分子是保持物質化學性質的最小粒子．
